In het zenonderricht wordt de  leerling aangemoedigd te durven twijfelen. Twijfelen heeft ook de betekenis van onderzoeken. Een zengezegde: kleine twijfel, kleine verlichting; grote twijfel, grote verlichting; geen twijfel, geen verlichting. Takusui, een Japans zenmeester uit de 18e eeuw,  beschrijft in een van zijn preken deze kunst van de grote twijfel aan de hand van de koan ‘wat is het dat hoort?’:

De methode die beoefend wordt, is als volgt: je moet twijfelen aan het subject in je dat alle geluiden hoort. Alle geluiden worden op een gegeven moment gehoord omdat er, zeker weten, een subject in je is dat hoort. Hoewel je klanken hoort met je oren, zijn de openingen in je oren niet het subject dat hoort. Als dat zo was, zouden doden ook geluiden horen. Je moet diep twijfelen, opnieuw en opnieuw, jezelf afvragen wat het subject van horen zou kunnen zijn. Besteed geen aandacht aan de diverse illusoire gedachtes en ideeën die aan je verschijnen. Twijfel slechts meer en dieper, verzamel in jezelf alle kracht die in je is, zonder iets op het oog te hebben of iets in de toekomst te verwachten, zonder te beogen verlicht te worden en zelfs te beogen niet te beogen verlicht te worden; word als een kind in je eigen borst.

Maar hoe je ook doorgaat met twijfelen, je zult het onmogelijk vinden om het subject dat hoort te lokaliseren. Je moet precies dáár steeds verder onderzoeken, waar er niets is om gevonden te worden. Twijfel diep in een staat van éénpuntige gerichtheid, zonder naar boven en zonder naar beneden te kijken, noch naar rechts noch naar links, word volledig als een dode, onbewust zelfs van de aanwezigheid van je eigen persoon. Wanneer deze methode steeds dieper wordt beoefend, zul je komen tot een staat van zijn waarin je volkomen zelfvergeten en leeg bent. Maar zelfs dan moet je de grote twijfel doen oprijzen, de gehele tijd als een dood mens. En daarna, wanneer je je niet langer bewust bent van je eigen zijn als een volledig dood mens, en je niet meer bewust bent van de procedure van de grote twijfel, maar zelf, door en door, één grote massa twijfel wordt, dan zal er een moment komen, plotseling, waarop je ontluikt in een transcendentie genaamd de grote verlichting, alsof je ontwaakt uit een grote droom, of alsof je, na volledig dood geweest te zijn, plotseling opnieuw tot leven komt.

Citaat in Keji Nishitani, Religion and Nothingnes, translated with an introduction by Jan van Bragt, foreword by Winston L. King, University of California Press, Berkeley/London, 1983, p. 20/21.